Kiedy akwaponikę zaczęto stosować, trudno dokładnie określić. Możemy jednak powiedzieć, że jednymi z pierwszych jej pionierów byli Aztekowie w dalekiej Ameryce. Już koło 1000 roku n.e. Aztekowie byli na tyle technologicznie dojrzali, że opracowali system znany jako „Chinampas“. To słowo powstało z azteckiego wyrazu „chinamitl”, co możemy swobodnie przetłumaczyć jako „kosz/płot z kamieni i pędów”. Właściwie chodziło o sztuczne wyspy, które były wykorzystywane do dalszych celów rolniczych.
Najpierw na dnie jeziora lub obszaru zatopionego umieszczano drewniane pale (tzw. piloty). Pomiędzy nie wypleciono gałęzie, pręty, łodygi lub trzciny. Dzięki temu powstał obszerny płot plecionkowy (lub kosz), który ograniczał przestrzeń przyszłej wyspy. Tak wyprodukowane sztuczne wyspy były później napełniane materiałem organicznym z roślin, a także, co było najważniejsze, bardzo urodzajnym bagnem, które zostało wydobyte z dna pomiędzy dwoma sąsiadującymi wyspami. Dzięki temu doszło do zwiększenia potencjału produkcyjnego nowo powstałej wyspy i zapewnienia spławności kanałów rozdzielających, znajdujących się pomiędzy nimi, co było bardzo ważne.
Z przechowanych źródeł wiemy, że wyspy miały wymiary ok. 2,5 x 30 m, co jest z punktu widzenia uprawy roślin porządnie rozległą powierzchnią. Wyspy powstawały obok siebie i były oddzielone już omawianymi wystarczająco szerokimi kanałami, by można było się pomiędzy nimi poruszać przy pomocy łódki. Ich wysokość wynosiła maksymalnie jeden metr ponad taflą wody. Nie było więc potrzeba dalszego nawadniania, ponieważ korzenie roślin czerpały wodę bezpośrednio z wilgotnej gleby, wykorzystując siły kapilarne. Aztekowie byli tak sprytni, że po obwodzie wysp sadzili drzewa wodolubne. Jako przykład podajemy wierzby (Salix bonplandiana) lub cisy (Taxodium mucronatum), które swoim mocnym systemem korzeniowym zapobiegały erozji gleby (obojętne czy wodnej, czy też wietrznej). Jako dodatek dawały zbawienną osłonę i ochronę uprawianym roślinom przed ostrym promieniowaniem słonecznym. Dzięki temu wyrafinowanemu systemowi Aztekowie zapewnili sobie produkcję kukurydzy, fasoli, pomidorów i dalszych roślin.
Aczkolwiek opisane systemy azteckie miały bardzo wysoki poziom, pierwszeństwo akwaponiczne należy z dużym prawdopodobieństwem do Chińczyków. Głównym składnikiem ich diety jest ryż, a ten był uprawiany na polach ryżowych juk około 11 tysięcy lat przed naszą erą (a więc dużo wcześniej niż z tą technologią mogli się zapoznać Aztekowie). Dlatego nie można się dziwić, że Chińczycy pragnęli ulepszyć swój system produkcyjny, i z tego powodu przez tysiąclecia eksperymentowali i modernizowali swoją technikę. Ich starania sięgnęły zenitu w 6 stuleciu, w którym akwaponika przyszła na świat.